理由としては次の2つが考えられます。
①国税と地方税の違い
国の税金である所得税と地方の税金である住民税（市・県民税）は1年間の所得に基づいて計算する点は同じですが、その所得から差し引く控除の額が違います。基礎控除や扶養控除等の人的控除や生命保険料・地震保険料控除の額が国税と異なります。
②申告漏れ
ご本人が税務署に提出された確定申告の他に、例えば他社給与や他の年金組合からの支払報告等の課税資料が市に届いている場合、合算して課税となります。この場合には修正申告の必要がある場合があります（税務署にご確認ください）。