マイナンバーを安心・安全に利用するために，国では個人情報を保護するための様々な措置を講じています。
システム面では，個人情報を一元管理するのではなく，従来どおり，年金の情報は年金事務所，税の情報は税務署といったように分散して管理します。また，行政機関間で情報のやりとりをするときも，マイナンバーを直接使わないようにしたり，システムにアクセスできる人を制限したり，通信する場合は暗号化を行います。
また，法律に規定があるものを除いて，マイナンバーを含む個人情報を収集したり，保管したりすることを禁止しています。さらに，特定個人情報保護委員会という第三者機関が，マイナンバーが適切に管理されているか監視・監督を行うほか，法律に違反した場合の罰則も従来より重くなっています。